故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进(jìn )行黑客行为的谜之黑客(kè )集(jí )团「海诺因骑士团」。而他们的目标是(shì )将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界(jiè )”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打(dǎ )倒，成功(gōng )捕获了「SOL技术社」和「海诺(nuò )因骑士团」都想要得手的迷(mí )之AI程序。一度拯救了世(shì )界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游(yóu )作，为了寻找过去(qù )发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击(jī )......  以此(cǐ )为契机(jī )，命运的齿轮就此(cǐ )转动……迷之AI的(de )真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底(dǐ )是———所有的答案，都在「Link Vrains」中