故事的舞台是(shì )互联网系(xì )统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的(de )网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空(kōng )间中为体验到全新的决(jué )斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网(wǎng )的某处的“AI们的世界(jiè )=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在(zài )那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒(dǎo )性的决斗将「海诺因骑士团」打(dǎ )倒，成功捕获了「SOL技(jì )术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序(xù )。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹(jì )了(le )，而(ér )他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因(yīn )骑士团」展开(kāi )了追击......  以此为契机，命运的齿(chǐ )轮就此转动……迷(mí )之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及(jí )隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中(zhōng )