故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那(nà )里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验(yàn )到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗(dòu )来进行黑客行为的谜(mí )之黑客集团「海诺因(yīn )骑士团」。而他们的目标是将存(cún )在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这(zhè )样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那(nà )场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性(xìng )的决斗将「海诺因骑士团(tuán )」打(dǎ )倒，成功(gōng )捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名(míng )字就在互联网(wǎng )的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开(kāi )了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此(cǐ )转动……迷之AI的(de )真身，「海诺因骑士团」盯上(shàng )「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中