故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而(ér )成(chéng )的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂(kuáng )热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来(lái )进行(háng )黑客行为的谜之黑客集团(tuán )「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然(rán )而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是(shì )「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想(xiǎng )要得手(shǒu )的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了(le )，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变(biàn )得声名远播，成为了传说。而(ér )现在，作(zuò )为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找(zhǎo )过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追(zhuī )击......  以此为契机，命运(yùn )的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中