故事的舞台是互联网系统发(fā )达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网(wǎng )络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个(gè )VR空间中为体验到全新的决(jué )斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海(hǎi )诺因骑士(shì )团」。而他们的目标是将存在于(yú )互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而(ér )在世界受到这样的威胁时，有一名决(jué )斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了(le )「SOL技术社(shè )」和「海诺因骑士(shì )团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而(ér )他的名字就在互联网的世界中一(yī )瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作(zuò )为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击(jī )......  以此为契机，命运的齿轮就此转动(dòng )……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真(zhēn )相到底是(shì )———所有(yǒu )的答案，都在「Link Vrains」中