故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业(yè )「SOL技术(shù )社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都(dōu )在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团(tuán )「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗(dòu )者站了出来。而他的名字正(zhèng )是「Playmaker」。在那场传奇(qí )的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因(yīn )骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术(shù )社(shè )」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后(hòu )却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远(yuǎn )播，成为了(le )传说(shuō )。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作(zuò )，为了寻找过去(qù )发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展(zhǎn )开了追击......  以此为契机，命运(yùn )的齿轮就此(cǐ )转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏(cáng )在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中