故事的舞台是互联网系统发达的都(dōu )市「DEN CITY」。在那里有经(jīng )由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为(wéi )「LINK VRAINS」的(de )VR空间。人(rén )们都(dōu )在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂(kuáng )热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜(mí )之黑客集团「海诺因骑士(shì )团」。而他们的目标是将存在于互联(lián )网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出(chū )来。而他的名字正是「Playmaker」。在那(nà )场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决(jué )斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界(jiè )中一瞬间变得声名(míng )远播，成(chéng )为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤(téng )木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底(dǐ )是———所有的答案，都在「Link Vrains」中