故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技(jì )术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验(yàn )到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决(jué )斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界(jiè )=电子界”毁灭。然(rán )而在世界受到这样的威胁时，有(yǒu )一名决斗者站(zhàn )了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获(huò )了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程(chéng )序。一度拯救(jiù )了世界(jiè )，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为(wéi )「Playmaker」的正体的某位高中生(shēng )藤木(mù )游作，为了寻找过去发生的(de )某件事件的(de )真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击......  以此为(wéi )契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及(jí )隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都(dōu )在「Link Vrains」中