故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术(shù )构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人(rén )们都在那个VR空间中为体验到全新的(de )决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现(xiàn )了利用决斗来进行黑客行(háng )为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们(men )的目标是将存在(zài )于互联网的某处(chù )的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有(yǒu )一名决斗者(zhě )站了出来(lái )。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑(qí )士团」都想要得手的迷之AI程序。一(yī )度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一(yī )瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过(guò )去发生的某件事件的真相，对(duì )再次在「VRAINS」出现的「海诺(nuò )因骑士团」展开了追击......  以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷(mí )之AI的真身，「海诺因骑(qí )士团」盯上「Link Vrains」的目(mù )的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中